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=Logiciels libres pour la science=
=Logiciels libres pour la science=
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===Vers une association de logiciels libres pour la science===
''Les domaines sont rangés en ordre alphabétique''
 
===Logiciels libres pour le traitement d'images===
 
* [http://rsbweb.nih.gov/ij/ ImageJ] (domaine public)
 
===Logiciels libres pour la Biologie===
Il y a un nombre très important de logiciels développés dans le domaine. Suivre BMC Bioinformatics, PLoS Computational biology, Bioinformatics, etc. pour se tenir à jour. Pas tous les logiciels distribués gratuitement sont pour autant libres, même pour les universitaires...
 
Lorsque des paquets (''.deb'' ou ''.rpm'') sont disponibles, ils sont signalés.
 
Version en cours de modification :-)
 
''TODO : rajouter tout ce qui ABS/Coalescent ainsi que SNP et calculs de taux de mutations (PAML,...)''
 
 
 
====Logiciels et banques de données dédiés aux séquences====
 
[[Science/LLbio_seq|Ici]] sont listés les logiciels libres spécialement dédiés aux différents traitements de séquences nucléotidiques et protéiques : recherche par homologie, alignement local/global, de deux séquences/multiple,...
 
====Logiciels et banques de données dédiés aux structures====
 
[[Science/LLbio_struct|Ici]] sont présents quelques liens vers des logiciels et banques gérant les structures moléculaires (protéines, ARN,...).
 
====Logiciels dédiés à la reconstruction phylogénétique====
 
Les puristes remarqueront que je n'ai pas parlé d'arbre ;-) Donc, pour l'inférence d'histoires évolutives, c'est par [[Science/LLbio_phylo|ici]].
 
====Logiciels et banques de données pour les données d'expression====
 
Quelques logiciels et ressources publiques sont mentionnés [[Science/LLbio_array|ici]] : il s'agit d'outils servant à analyser et contenir les données de puces à ADN (lames de verre, Affymetrix, etc.).
 
===Logiciels pour la visualisation===
 
Parce qu'il faut bien faire de [[Science/LLbio_visualisation|jolies zimages]] :-) Ce n'est pas la seule raison, loin s'en faut : donner un aperçu en images intelligible à sa recherche est très important.
 
* [http://www.gnuplot.info/ gnuplot] (non libre au sens de la FSF. Les modifications doivent être redistribuées sous forme de patch uniquement.)
* [http://www.pyxplot.org.uk/ PyXPlot]
* [http://matplotlib.sourceforge.net/ matplotlib]
* [http://k3dsurf.sourceforge.net/index_fr.html K3DSurf]
* [http://mayavi.sourceforge.net/ MayaVi]
* [http://soft.proindependent.com/qtiplot.html QtiPlot]
* [http://www.ggobi.org GGobi] Exploration de données à hautes dimensions
* [http://www.slicer.org/ 3DSlicer] Visualisation et analyse d'imagerie médicale (license BSD-like)
 
===Logiciels libres pour la Chimie===
 
===Logiciels libres pour la Linguistique et les sciences du langage===
 
==Logiciels libres pour les Mathématiques==
 
====Calcul symbolique====
 
* [http://maxima.sourceforge.net/ Maxima]
* [http://wxmaxima.sourceforge.net/wiki/index.php/Main_Page wxMaxima]
* [http://www-fourier.ujf-grenoble.fr/~parisse/giac_fr.html Giac/Xcas]
* [http://cadabra.phi-sci.com cadabra]
* Autres ''computer algebra systems'' (CAS) libres décris ici : http://www.cmla.ens-cachan.fr/fileadmin/Groupes/LaForge/Final/cas3.pdf
 
====Géométrie Algébrique====
 
[http://www.math.uiuc.edu/Macaulay2/ Macaulay2]
 
====Statistiques====
 
[http://www.r-project.org/ R]
 
====Calcul Numérique====
 
* [http://www.scilab.org scilab]
* [http://www.gnu.org/software/octave/about.html octave]
* [http://www.sagemath.org/ sage]
* [http://numpy.scipy.org/ NumPy]
* [http://euler.sourceforge.net/ Euler]
 
==Logiciels libres pour la Physique==
''(comprend aussi ceux pour l'Astronomie et la cosmologie)''
 
* [http://www.shatters.net/celestia Celestia]
* [http://www.stellarium.org/ Stellarium]
 
==Logiciels libres pour la Mécanique==
 
====Étude de vidéos de mouvements====
[http://outilsphysiques.tuxfamily.org/pmwiki.php/Oppl/Pymecavideo PyMecavideo] [[Image:pymecavideo2.png|thumb]]
Ce que PyMecavideo peut faire :
 
* charger une vidéo
* pointer autant de points voulus (intéressant pour l'étude des référentiels et de la chute libre)
* exporter la liste des point dans un format compréhensible (CSV) ou presse-papier
* ...
* peut jouer une vidéo du mouvement dans le référentiel choisi Exemple : si on pointe une balle et la roue du véolo depuis lequel la balle est lâchée, on peut voir le mouvement de la balle dans le référentiel du vélo.
 
====Eléments finis====
 
[http://www.code-aster.org Code_Aster]
 
====CFD====
 
[http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/code-saturne/presentation-45341.html Code_Saturne], [https://code-saturne.info/products/code-saturne site officiel], [http://cfd.mace.manchester.ac.uk/Saturne/WebHome Twiki de l'université de Manchester]
 
[http://www.openfoam.com OpenFoam]
 
[http://www.cfd-online.com/Wiki/Codes#Free_codes CFD-online] propose une liste plus complète de codes de CFD libres.
 
====Conduction et rayonnement thermique====
 
[http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes-41220.html Syrthes]
 
====Pré- et post-traitement====
 
[http://www.salome-platform.org Salome]
 
[http://www.paraview.org/ Paraview]
 
[http://www.geuz.org/gmsh/ GMSH]
 
====Distribution live====
 
[http://www.caelinux.com CAElinux]: distribution linux live permettant de tester simplement la plupart des logiciels cités ci-dessus.
 
==Logiciels libres pour la Psychologie et les neurosciences==
 
==Vers une association de logiciels libres pour la science==


* (obsolète ?) [[AssoScience|Appel à contributions]] [[AssoScienceEn|Call for contributions]]
* (obsolète ?) [[AssoScience|Appel à contributions]] [[AssoScienceEn|Call for contributions]]


''TODO : A vérifier où ça en est''
== Calcul distribué ==
[http://boinc.berkeley.edu/ BOINC]


=Journaux libres pour la science=
=Journaux libres pour la science=
Publication ouverte en science
Voir la page [[Publications scientifiques]]
(à compléter)
===PLoS===
[http://www.plos.org/index.php PLoS] est un journal scientifique couvrant plusieurs disciplines (biologie, physique,...). Les publications ne se font qu'en ligne : il n'y a pas de version papier. Les articles publiés dans PLoS sont indexés dans les bases publiques [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/ PubMed Central], [http://www.scopus.com/home.url Scopus], [http://www.crossref.org/ CrossRef], ainsi que par Google Scholar.
 
La philosophie de PLoS est différente de celle des journaux scientifiques classiques tels que Nature, Science,... qui traduisent l'obsession universitaire générale de l'''impact factor'' (réf) du journal. En effet, l'idée est qu'une publication en ligne implique de publier plus rapidement les résultats de sa recherche et de laisser l'évaluation du travail scientifique à une discussion ouverte entre pairs. De plus, le journal ne se limite pas à un domaine scientifique restreint, mais souhaite favoriser et rendre possible la publication d'articles interdisciplinaires. Mais ce qui est encore plus remarquable, c'est la licence des publications : elles sont toutes sous Creative Commons Attribution Licence (CCAL), [http://www.plos.org/journals/license.html la page dédiée à la licence] précisant :
Under the CCAL, authors retain ownership of the copyright for their article, but authors allow
anyone to download, reuse, reprint, modify, distribute, and/or copy articles in PLoS journals,
so long as the original authors and source are cited. No permission is required from the authors
or the publishers.
Enfin, vous avez la possibilité de soumettre votre article en tant que fichier LaTeX :-)


===BioMed Central===
= Liens =
[http://www.biomedcentral.com/ BioMed Central (BMC)] ainsi que Chemistry Central et PhysMath Central sont depuis 2008 propriété de Springer Science; les articles ne sont publiés qu'en ligne. [http://www.biomedcentral.com/info/about/whatis Leur philosophie] est semblable à celle de PLoS :
All original research articles published by BioMed Central are made freely and permanently
accessible online immediately upon publication. BioMed Central views open access to research
as essential in order to ensure the rapid and efficient communication of research findings.
Les publications sont indexées dans les bases publiques [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/ PubMed Central], [http://www.scopus.com/home.url Scopus], [http://www.crossref.org/ CrossRef], ainsi que par Google Scholar.


BMC publie 204 journaux dont les articles sont sous Creative Commons Attribution Licence (CCAL) et couvrant une large palettes de domaines scientifiques et médicaux. L'accès à certaines revues est ouverte seulement aux universitaires (par exemple, Genome Research).  
* Un groupe de travail pour la promotion et le développement des logiciels libres en Sciences : http://fsffrance.org/science/science.fr.html
* Un projet pour la promotion et le développement des logiciels libres en Chimie : http://www.alchem.org
* Un projet de diffusion libre de littérature grise (thèses, rapports, etc.) : http://bibliotheques.univ-lille1.fr/grisemine
* Un projet pour faciliter l'écriture et la publication avec des Logiciels Libres de rapports, thèses, etc. : http://sourcesup.cru.fr/cybertheses/
* Voir aussi GNU eprints : http://www.eprints.org/
* Des vidéos scientifiques disponibles gratuitement (mais dans un format fermé Flash) : http://www.canal-u.tv/
* Fiches descriptives de logiciels, la plupart libres, utilisés ou développés dans l' Enseignement Supérieur et la Recherche : http://www.projet-plume.org/


[[Catégorie:Mettre_a_jour]]
[[Catégorie:Science]]

Dernière version du 18 février 2013 à 09:54

Logiciels libres pour la science[modifier]

Partie en cours de modification

Les domaines sont rangés en ordre alphabétique

Logiciels libres pour le traitement d'images[modifier]

Logiciels libres pour la Biologie[modifier]

Il y a un nombre très important de logiciels développés dans le domaine. Suivre BMC Bioinformatics, PLoS Computational biology, Bioinformatics, etc. pour se tenir à jour. Pas tous les logiciels distribués gratuitement sont pour autant libres, même pour les universitaires...

Lorsque des paquets (.deb ou .rpm) sont disponibles, ils sont signalés.

Version en cours de modification :-)

TODO : rajouter tout ce qui ABS/Coalescent ainsi que SNP et calculs de taux de mutations (PAML,...)


Logiciels et banques de données dédiés aux séquences[modifier]

Ici sont listés les logiciels libres spécialement dédiés aux différents traitements de séquences nucléotidiques et protéiques : recherche par homologie, alignement local/global, de deux séquences/multiple,...

Logiciels et banques de données dédiés aux structures[modifier]

Ici sont présents quelques liens vers des logiciels et banques gérant les structures moléculaires (protéines, ARN,...).

Logiciels dédiés à la reconstruction phylogénétique[modifier]

Les puristes remarqueront que je n'ai pas parlé d'arbre ;-) Donc, pour l'inférence d'histoires évolutives, c'est par ici.

Logiciels et banques de données pour les données d'expression[modifier]

Quelques logiciels et ressources publiques sont mentionnés ici : il s'agit d'outils servant à analyser et contenir les données de puces à ADN (lames de verre, Affymetrix, etc.).

Logiciels pour la visualisation[modifier]

Parce qu'il faut bien faire de jolies zimages :-) Ce n'est pas la seule raison, loin s'en faut : donner un aperçu en images intelligible à sa recherche est très important.

Logiciels libres pour la Chimie[modifier]

Logiciels libres pour la Linguistique et les sciences du langage[modifier]

Logiciels libres pour les Mathématiques[modifier]

Calcul symbolique[modifier]

Géométrie Algébrique[modifier]

Macaulay2

Statistiques[modifier]

R

Calcul Numérique[modifier]

Logiciels libres pour la Physique[modifier]

(comprend aussi ceux pour l'Astronomie et la cosmologie)

Logiciels libres pour la Mécanique[modifier]

Étude de vidéos de mouvements[modifier]

PyMecavideo

Pymecavideo2.png

Ce que PyMecavideo peut faire :

  • charger une vidéo
  • pointer autant de points voulus (intéressant pour l'étude des référentiels et de la chute libre)
  • exporter la liste des point dans un format compréhensible (CSV) ou presse-papier
  • ...
  • peut jouer une vidéo du mouvement dans le référentiel choisi Exemple : si on pointe une balle et la roue du véolo depuis lequel la balle est lâchée, on peut voir le mouvement de la balle dans le référentiel du vélo.

Eléments finis[modifier]

Code_Aster

CFD[modifier]

Code_Saturne, site officiel, Twiki de l'université de Manchester

OpenFoam

CFD-online propose une liste plus complète de codes de CFD libres.

Conduction et rayonnement thermique[modifier]

Syrthes

Pré- et post-traitement[modifier]

Salome

Paraview

GMSH

Distribution live[modifier]

CAElinux: distribution linux live permettant de tester simplement la plupart des logiciels cités ci-dessus.

Logiciels libres pour la Psychologie et les neurosciences[modifier]

Vers une association de logiciels libres pour la science[modifier]

TODO : A vérifier où ça en est

Calcul distribué[modifier]

BOINC

Journaux libres pour la science[modifier]

Voir la page Publications scientifiques

Liens[modifier]

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