Science/LLbio seq

De April MediaWiki
  • BLAST (Basic Local Alignment Saquence Tool)

Cet outil en est à sa version 2. C'est l'un des utilitaires les plus utilisés par les biologistes et sert à indexer différentes bases de données biologiques. Il est accessible via une interface web et hébergé par National Library of Medicine (NLM), aux États-Unis. Il n'y a pas de mention claire de la licence utilisée, mais la page dédiée dit :

Government information available from this site is within the public domain. Public domain information on the 
National Library of Medicine (NLM) Web pages may be freely distributed and copied. However, it is requested
that in any subsequent use of this work, NLM be given appropriate acknowledgment.

Accès web | Paquet .deb officiel

  • DIALIGN et DIALIGN-TX

Outils pour l'alignement multiple de séquences nucléotidiques et protéiques. Ils sont différents d'autres logiciels faisant la même chose, donc bien regarder les paramètres avant de faire les conclusions ;-)

Accès web | Paquet .deb officiel - DIALIGN | Paquet .deb officiel - DIALIGN-TX

  • EMBOSS (European Molecular Biology Open Software Suite)

Une suite logicielle pour une analyse de séquences complète. Le paquet est livré avec des bibliothèques très complètes. C'est la suite préférée de votre humble serviteure ;-)

Source | Paquet .deb officiel

  • Kalign

Outil pour l'alignement multiple global de séquences nucléotidiques et protéiques. Plus rapide que ClustalW (gratuit, très répandu chez les biologistes... et considéré comme non libre par Debian ;-) ). Pour visualiser : Kalignvu.

Accès web | Paquet .deb officiel

  • LAST-align

Il est semblable à BLAST à une exception algorithmique essentielle près :p . Il permet l'alignement de grandes séquences (par exemple, génomiques). Peut aussi être utilisé pour la recherche d'EST au sein d'un génome.

Accès web | Paquet .deb officiel

  • MUMmer

Cet outil est destiné à l'alignement de génomes entiers (drafts et finis). Les utilitaires NUCmer et PROmer sont très intéressants : le premier est spécialement dédiés à l'alignement de génomes incomplets (des drafts en cours d'assemblage). Le deuxième permet la recherche de parties similaires entre génomes d'organismes éloignés en effectuant une traduction dans les 6 cadres de lecture pour chaque génome et les alignant par la suite.

Source | Paquet .deb officiel

  • MUSCLE (MUltiple Sequence Comparison by Log-Expectation)

Toujours de l'alignement multiple ;-) mais cette fois, spécial protéines.

Site web officiel | Paquet .deb officiel


(to be continued)