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=Logiciels libres pour la science=
=Logiciels libres pour la science=
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===Vers une association de logiciels libres pour la science===
''Les domaines sont rangés en ordre alphabétique''
 
===Logiciels libres pour le traitement d'images===
 
* [http://rsbweb.nih.gov/ij/ ImageJ] (domaine public)
 
===Logiciels libres pour la Biologie===
Il y a un nombre très important de logiciels développés dans le domaine. Suivre BMC Bioinformatics, PLoS Computational biology, Bioinformatics, etc. pour se tenir à jour. Pas tous les logiciels distribués gratuitement sont pour autant libres, même pour les universitaires...
 
Lorsque des paquets (''.deb'' ou ''.rpm'') sont disponibles, ils sont signalés.
 
Version en cours de modification :-)
 
''TODO : rajouter tout ce qui ABS/Coalescent ainsi que SNP et calculs de taux de mutations (PAML,...)''
 
 
 
====Logiciels et banques de données dédiés aux séquences====
 
[[Science/LLbio_seq|Ici]] sont listés les logiciels libres spécialement dédiés aux différents traitements de séquences nucléotidiques et protéiques : recherche par homologie, alignement local/global, de deux séquences/multiple,...
 
====Logiciels et banques de données dédiés aux structures====
 
[[Science/LLbio_struct|Ici]] sont présents quelques liens vers des logiciels et banques gérant les structures moléculaires (protéines, ARN,...).
 
====Logiciels dédiés à la reconstruction phylogénétique====
 
Les puristes remarqueront que je n'ai pas parlé d'arbre ;-) Donc, pour l'inférence d'histoires évolutives, c'est par [[Science/LLbio_phylo|ici]].
 
====Logiciels et banques de données pour les données d'expression====
 
Quelques logiciels et ressources publiques sont mentionnés [[Science/LLbio_array|ici]] : il s'agit d'outils servant à analyser et contenir les données de puces à ADN (lames de verre, Affymetrix, etc.).
 
===Logiciels pour la visualisation===
 
Parce qu'il faut bien faire de [[Science/LLbio_visualisation|jolies zimages]] :-) Ce n'est pas la seule raison, loin s'en faut : donner un aperçu en images intelligible à sa recherche est très important.
 
* [http://www.gnuplot.info/ gnuplot] (non libre au sens de la FSF. Les modifications doivent être redistribuées sous forme de patch uniquement.)
* [http://www.pyxplot.org.uk/ PyXPlot]
* [http://matplotlib.sourceforge.net/ matplotlib]
* [http://k3dsurf.sourceforge.net/index_fr.html K3DSurf]
* [http://mayavi.sourceforge.net/ MayaVi]
* [http://soft.proindependent.com/qtiplot.html QtiPlot]
* [http://www.ggobi.org GGobi] Exploration de données à hautes dimensions
* [http://www.slicer.org/ 3DSlicer] Visualisation et analyse d'imagerie médicale (license BSD-like)
 
===Logiciels libres pour la Chimie===
 
===Logiciels libres pour la Linguistique et les sciences du langage===
 
==Logiciels libres pour les Mathématiques==
 
====Calcul symbolique====
 
* [http://maxima.sourceforge.net/ Maxima]
* [http://wxmaxima.sourceforge.net/wiki/index.php/Main_Page wxMaxima]
* [http://www-fourier.ujf-grenoble.fr/~parisse/giac_fr.html Giac/Xcas]
* [http://cadabra.phi-sci.com cadabra]
* Autres ''computer algebra systems'' (CAS) libres décris ici : http://www.cmla.ens-cachan.fr/fileadmin/Groupes/LaForge/Final/cas3.pdf
 
====Géométrie Algébrique====
 
[http://www.math.uiuc.edu/Macaulay2/ Macaulay2]
 
====Statistiques====
 
[http://www.r-project.org/ R]
 
====Calcul Numérique====
 
* [http://www.scilab.org scilab]
* [http://www.gnu.org/software/octave/about.html octave]
* [http://www.sagemath.org/ sage]
* [http://numpy.scipy.org/ NumPy]
* [http://euler.sourceforge.net/ Euler]
 
==Logiciels libres pour la Physique==
''(comprend aussi ceux pour l'Astronomie et la cosmologie)''
 
* [http://www.shatters.net/celestia Celestia]
* [http://www.stellarium.org/ Stellarium]
 
==Logiciels libres pour la Mécanique==
 
====Étude de vidéos de mouvements====
[http://outilsphysiques.tuxfamily.org/pmwiki.php/Oppl/Pymecavideo PyMecavideo] [[Image:pymecavideo2.png|thumb]]
Ce que PyMecavideo peut faire :
 
* charger une vidéo
* pointer autant de points voulus (intéressant pour l'étude des référentiels et de la chute libre)
* exporter la liste des point dans un format compréhensible (CSV) ou presse-papier
* ...
* peut jouer une vidéo du mouvement dans le référentiel choisi Exemple : si on pointe une balle et la roue du véolo depuis lequel la balle est lâchée, on peut voir le mouvement de la balle dans le référentiel du vélo.
 
====Eléments finis====
 
[http://www.code-aster.org Code_Aster]
 
====CFD====
 
[http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/code-saturne/presentation-45341.html Code_Saturne], [https://code-saturne.info/products/code-saturne site officiel], [http://cfd.mace.manchester.ac.uk/Saturne/WebHome Twiki de l'université de Manchester]
 
[http://www.openfoam.com OpenFoam]
 
[http://www.cfd-online.com/Wiki/Codes#Free_codes CFD-online] propose une liste plus complète de codes de CFD libres.
 
====Conduction et rayonnement thermique====
 
[http://innovation.edf.com/recherche-et-communaute-scientifique/logiciels/syrthes-41220.html Syrthes]
 
====Pré- et post-traitement====
 
[http://www.salome-platform.org Salome]
 
[http://www.paraview.org/ Paraview]
 
[http://www.geuz.org/gmsh/ GMSH]
 
====Distribution live====
 
[http://www.caelinux.com CAElinux]: distribution linux live permettant de tester simplement la plupart des logiciels cités ci-dessus.
 
==Logiciels libres pour la Psychologie et les neurosciences==
 
==Vers une association de logiciels libres pour la science==


* (obsolète ?) [[AssoScience|Appel à contributions]] [[AssoScienceEn|Call for contributions]]
* (obsolète ?) [[AssoScience|Appel à contributions]] [[AssoScienceEn|Call for contributions]]
 
[[Catégorie:Mettre_a_jour]]
''TODO : A vérifier où ça en est''
 
== Calcul distribué ==
 
[http://boinc.berkeley.edu/ BOINC]
 
=Journaux libres pour la science=
Voir la page [[Publications scientifiques]]
 
= Liens =
 
* Un groupe de travail pour la promotion et le développement des logiciels libres en Sciences : http://fsffrance.org/science/science.fr.html
* Un projet pour la promotion et le développement des logiciels libres en Chimie : http://www.alchem.org
* Un projet de diffusion libre de littérature grise (thèses, rapports, etc.) : http://bibliotheques.univ-lille1.fr/grisemine
* Un projet pour faciliter l'écriture et la publication avec des Logiciels Libres de rapports, thèses, etc. : http://sourcesup.cru.fr/cybertheses/
* Voir aussi GNU eprints : http://www.eprints.org/
* Des vidéos scientifiques disponibles gratuitement (mais dans un format fermé Flash) : http://www.canal-u.tv/
* Fiches descriptives de logiciels, la plupart libres, utilisés ou développés dans l' Enseignement Supérieur et la Recherche : http://www.projet-plume.org/
 
[[Catégorie:Science]]

Dernière version du 18 février 2013 à 09:54

Logiciels libres pour la science[modifier]

Partie en cours de modification

Les domaines sont rangés en ordre alphabétique

Logiciels libres pour le traitement d'images[modifier]

Logiciels libres pour la Biologie[modifier]

Il y a un nombre très important de logiciels développés dans le domaine. Suivre BMC Bioinformatics, PLoS Computational biology, Bioinformatics, etc. pour se tenir à jour. Pas tous les logiciels distribués gratuitement sont pour autant libres, même pour les universitaires...

Lorsque des paquets (.deb ou .rpm) sont disponibles, ils sont signalés.

Version en cours de modification :-)

TODO : rajouter tout ce qui ABS/Coalescent ainsi que SNP et calculs de taux de mutations (PAML,...)


Logiciels et banques de données dédiés aux séquences[modifier]

Ici sont listés les logiciels libres spécialement dédiés aux différents traitements de séquences nucléotidiques et protéiques : recherche par homologie, alignement local/global, de deux séquences/multiple,...

Logiciels et banques de données dédiés aux structures[modifier]

Ici sont présents quelques liens vers des logiciels et banques gérant les structures moléculaires (protéines, ARN,...).

Logiciels dédiés à la reconstruction phylogénétique[modifier]

Les puristes remarqueront que je n'ai pas parlé d'arbre ;-) Donc, pour l'inférence d'histoires évolutives, c'est par ici.

Logiciels et banques de données pour les données d'expression[modifier]

Quelques logiciels et ressources publiques sont mentionnés ici : il s'agit d'outils servant à analyser et contenir les données de puces à ADN (lames de verre, Affymetrix, etc.).

Logiciels pour la visualisation[modifier]

Parce qu'il faut bien faire de jolies zimages :-) Ce n'est pas la seule raison, loin s'en faut : donner un aperçu en images intelligible à sa recherche est très important.

Logiciels libres pour la Chimie[modifier]

Logiciels libres pour la Linguistique et les sciences du langage[modifier]

Logiciels libres pour les Mathématiques[modifier]

Calcul symbolique[modifier]

Géométrie Algébrique[modifier]

Macaulay2

Statistiques[modifier]

R

Calcul Numérique[modifier]

Logiciels libres pour la Physique[modifier]

(comprend aussi ceux pour l'Astronomie et la cosmologie)

Logiciels libres pour la Mécanique[modifier]

Étude de vidéos de mouvements[modifier]

PyMecavideo

Pymecavideo2.png

Ce que PyMecavideo peut faire :

  • charger une vidéo
  • pointer autant de points voulus (intéressant pour l'étude des référentiels et de la chute libre)
  • exporter la liste des point dans un format compréhensible (CSV) ou presse-papier
  • ...
  • peut jouer une vidéo du mouvement dans le référentiel choisi Exemple : si on pointe une balle et la roue du véolo depuis lequel la balle est lâchée, on peut voir le mouvement de la balle dans le référentiel du vélo.

Eléments finis[modifier]

Code_Aster

CFD[modifier]

Code_Saturne, site officiel, Twiki de l'université de Manchester

OpenFoam

CFD-online propose une liste plus complète de codes de CFD libres.

Conduction et rayonnement thermique[modifier]

Syrthes

Pré- et post-traitement[modifier]

Salome

Paraview

GMSH

Distribution live[modifier]

CAElinux: distribution linux live permettant de tester simplement la plupart des logiciels cités ci-dessus.

Logiciels libres pour la Psychologie et les neurosciences[modifier]

Vers une association de logiciels libres pour la science[modifier]

TODO : A vérifier où ça en est

Calcul distribué[modifier]

BOINC

Journaux libres pour la science[modifier]

Voir la page Publications scientifiques

Liens[modifier]

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