Logiciels libres pour la science

Partie en cours de modification

Les domaines sont rangés en ordre alphabétique

Logiciels libres pour le traitement d'images

ImageJ (domaine public)

Logiciels libres pour la Biologie

Il y a un nombre très important de logiciels développés dans le domaine. Suivre BMC Bioinformatics, PLoS Computational biology, Bioinformatics, etc. pour se tenir à jour. Pas tous les logiciels distribués gratuitement sont pour autant libres, même pour les universitaires...

Lorsque des paquets (.deb ou .rpm) sont disponibles, ils sont signalés.

Version en cours de modification :-)

TODO : rajouter tout ce qui ABS/Coalescent ainsi que SNP et calculs de taux de mutations (PAML,...)

Logiciels et banques de données dédiés aux séquences

Ici sont listés les logiciels libres spécialement dédiés aux différents traitements de séquences nucléotidiques et protéiques : recherche par homologie, alignement local/global, de deux séquences/multiple,...

Logiciels et banques de données dédiés aux structures

Ici sont présents quelques liens vers des logiciels et banques gérant les structures moléculaires (protéines, ARN,...).

Logiciels dédiés à la reconstruction phylogénétique

Les puristes remarqueront que je n'ai pas parlé d'arbre ;-) Donc, pour l'inférence d'histoires évolutives, c'est par ici.

Logiciels et banques de données pour les données d'expression

Quelques logiciels et ressources publiques sont mentionnés ici : il s'agit d'outils servant à analyser et contenir les données de puces à ADN (lames de verre, Affymetrix, etc.).

Logiciels pour la visualisation

Parce qu'il faut bien faire de jolies zimages :-) Ce n'est pas la seule raison, loin s'en faut : donner un aperçu en images intelligible à sa recherche est très important.

gnuplot (non libre au sens de la FSF. Les modifications doivent être redistribuées sous forme de patch uniquement.)
PyXPlot
matplotlib
K3DSurf
MayaVi
QtiPlot
GGobi Exploration de données à hautes dimensions
3DSlicer Visualisation et analyse d'imagerie médicale (license BSD-like)

Logiciels libres pour la Chimie

Logiciels libres pour la Linguistique et les sciences du langage

Logiciels libres pour les Mathématiques

Calcul Numérique

Logiciels libres pour la Physique

(comprend aussi ceux pour l'Astronomie et la cosmologie)

Logiciels libres pour la Mécanique

Étude de vidéos de mouvements

PyMecavideo

Ce que PyMecavideo peut faire :

charger une vidéo
pointer autant de points voulus (intéressant pour l'étude des référentiels et de la chute libre)
exporter la liste des point dans un format compréhensible (CSV) ou presse-papier
...
peut jouer une vidéo du mouvement dans le référentiel choisi Exemple : si on pointe une balle et la roue du véolo depuis lequel la balle est lâchée, on peut voir le mouvement de la balle dans le référentiel du vélo.

Eléments finis

Code_Aster

CFD

Code_Saturne, site officiel, Twiki de l'université de Manchester

OpenFoam

CFD-online propose une liste plus complète de codes de CFD libres.

Conduction et rayonnement thermique

Syrthes

Pré- et post-traitement

Salome

Paraview

GMSH

Distribution live

CAElinux: distribution linux live permettant de tester simplement la plupart des logiciels cités ci-dessus.

Logiciels libres pour la Psychologie et les neurosciences

Vers une association de logiciels libres pour la science

(obsolète ?) Appel à contributions Call for contributions

TODO : A vérifier où ça en est

Calcul distribué

BOINC

Journaux libres pour la science

Voir la page Publications scientifiques

BioMed Central

BioMed Central (BMC) ainsi que Chemistry Central et PhysMath Central sont depuis 2008 propriété de Springer Science ; les articles ne sont publiés qu'en ligne. Leur philosophie est semblable à celle de PLoS :

All original research articles published by BioMed Central are made freely and permanently
accessible online immediately upon publication. BioMed Central views open access to research
as essential in order to ensure the rapid and efficient communication of research findings.

Les publications sont indexées dans les bases publiques PubMed Central, Scopus, CrossRef, ainsi que par Google Scholar.

BMC publie 204 journaux dont les articles sont sous Creative Commons Attribution Licence (CCAL) et couvrant une large palette de domaines scientifiques et médicaux. L'accès à certaines revues est ouvert seulement aux universitaires (par exemple, Genome Research).

Liens

Un groupe de travail pour la promotion et le développement des logiciels libres en Sciences : http://fsffrance.org/science/science.fr.html
Un projet pour la promotion et le développement des logiciels libres en Chimie : http://www.alchem.org
Un projet de diffusion libre de littérature grise (thèses, rapports, etc.) : http://bibliotheques.univ-lille1.fr/grisemine
Un projet pour faciliter l'écriture et la publication avec des Logiciels Libres de rapports, thèses, etc. : http://sourcesup.cru.fr/cybertheses/
Voir aussi GNU eprints : http://www.eprints.org/
Des vidéos scientifiques disponibles gratuitement (mais dans un format fermé Flash) : http://www.canal-u.tv/
Fiches descriptives de logiciels, la plupart libres, utilisés ou développés dans l' Enseignement Supérieur et la Recherche : http://www.projet-plume.org/

Science

Sommaire