Science : Différence entre versions

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* [http://www.gnuplot.info/ gnuplot] (non libre au sens de la FSF. Les modifications doivent être redistribuées sous forme de patch uniquement.)
 
* [http://www.gnuplot.info/ gnuplot] (non libre au sens de la FSF. Les modifications doivent être redistribuées sous forme de patch uniquement.)
 
* [http://www.pyxplot.org.uk/ PyXPlot]
 
* [http://www.pyxplot.org.uk/ PyXPlot]
* [http://job-des-criptions.com/ job description]
 
 
* [http://matplotlib.sourceforge.net/ matplotlib]
 
* [http://matplotlib.sourceforge.net/ matplotlib]
 
* [http://k3dsurf.sourceforge.net/index_fr.html K3DSurf]
 
* [http://k3dsurf.sourceforge.net/index_fr.html K3DSurf]
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* [http://soft.proindependent.com/qtiplot.html QtiPlot]
 
* [http://soft.proindependent.com/qtiplot.html QtiPlot]
 
* [http://www.ggobi.org GGobi] Exploration de données à hautes dimensions
 
* [http://www.ggobi.org GGobi] Exploration de données à hautes dimensions
* [http://job-des-criptions.com/sales-associate-job-description.htm sales associate job description]
 
 
* [http://www.slicer.org/ 3DSlicer] Visualisation et analyse d'imagerie médicale (license BSD-like)
 
* [http://www.slicer.org/ 3DSlicer] Visualisation et analyse d'imagerie médicale (license BSD-like)
  

Version actuelle en date du 18 février 2013 à 11:54

Logiciels libres pour la science[modifier]

Partie en cours de modification

Les domaines sont rangés en ordre alphabétique

Logiciels libres pour le traitement d'images[modifier]

Logiciels libres pour la Biologie[modifier]

Il y a un nombre très important de logiciels développés dans le domaine. Suivre BMC Bioinformatics, PLoS Computational biology, Bioinformatics, etc. pour se tenir à jour. Pas tous les logiciels distribués gratuitement sont pour autant libres, même pour les universitaires...

Lorsque des paquets (.deb ou .rpm) sont disponibles, ils sont signalés.

Version en cours de modification :-)

TODO : rajouter tout ce qui ABS/Coalescent ainsi que SNP et calculs de taux de mutations (PAML,...)


Logiciels et banques de données dédiés aux séquences[modifier]

Ici sont listés les logiciels libres spécialement dédiés aux différents traitements de séquences nucléotidiques et protéiques : recherche par homologie, alignement local/global, de deux séquences/multiple,...

Logiciels et banques de données dédiés aux structures[modifier]

Ici sont présents quelques liens vers des logiciels et banques gérant les structures moléculaires (protéines, ARN,...).

Logiciels dédiés à la reconstruction phylogénétique[modifier]

Les puristes remarqueront que je n'ai pas parlé d'arbre ;-) Donc, pour l'inférence d'histoires évolutives, c'est par ici.

Logiciels et banques de données pour les données d'expression[modifier]

Quelques logiciels et ressources publiques sont mentionnés ici : il s'agit d'outils servant à analyser et contenir les données de puces à ADN (lames de verre, Affymetrix, etc.).

Logiciels pour la visualisation[modifier]

Parce qu'il faut bien faire de jolies zimages :-) Ce n'est pas la seule raison, loin s'en faut : donner un aperçu en images intelligible à sa recherche est très important.

  • gnuplot (non libre au sens de la FSF. Les modifications doivent être redistribuées sous forme de patch uniquement.)
  • PyXPlot
  • matplotlib
  • K3DSurf
  • MayaVi
  • QtiPlot
  • GGobi Exploration de données à hautes dimensions
  • 3DSlicer Visualisation et analyse d'imagerie médicale (license BSD-like)

Logiciels libres pour la Chimie[modifier]

Logiciels libres pour la Linguistique et les sciences du langage[modifier]

Logiciels libres pour les Mathématiques[modifier]

Calcul symbolique[modifier]

Géométrie Algébrique[modifier]

Macaulay2

Statistiques[modifier]

R

Calcul Numérique[modifier]

Logiciels libres pour la Physique[modifier]

(comprend aussi ceux pour l'Astronomie et la cosmologie)

Logiciels libres pour la Mécanique[modifier]

Étude de vidéos de mouvements[modifier]

PyMecavideo
Pymecavideo2.png

Ce que PyMecavideo peut faire :

  • charger une vidéo
  • pointer autant de points voulus (intéressant pour l'étude des référentiels et de la chute libre)
  • exporter la liste des point dans un format compréhensible (CSV) ou presse-papier
  • ...
  • peut jouer une vidéo du mouvement dans le référentiel choisi Exemple : si on pointe une balle et la roue du véolo depuis lequel la balle est lâchée, on peut voir le mouvement de la balle dans le référentiel du vélo.

Eléments finis[modifier]

Code_Aster

CFD[modifier]

Code_Saturne, site officiel, Twiki de l'université de Manchester

OpenFoam

CFD-online propose une liste plus complète de codes de CFD libres.

Conduction et rayonnement thermique[modifier]

Syrthes

Pré- et post-traitement[modifier]

Salome

Paraview

GMSH

Distribution live[modifier]

CAElinux: distribution linux live permettant de tester simplement la plupart des logiciels cités ci-dessus.

Logiciels libres pour la Psychologie et les neurosciences[modifier]

Vers une association de logiciels libres pour la science[modifier]

TODO : A vérifier où ça en est

Calcul distribué[modifier]

BOINC

Journaux libres pour la science[modifier]

Voir la page Publications scientifiques

Liens[modifier]