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Dernière version du 18 février 2013 à 09:54
Logiciels libres pour la science[modifier]
Partie en cours de modification
Les domaines sont rangés en ordre alphabétique
Logiciels libres pour le traitement d'images[modifier]
- ImageJ (domaine public)
Logiciels libres pour la Biologie[modifier]
Il y a un nombre très important de logiciels développés dans le domaine. Suivre BMC Bioinformatics, PLoS Computational biology, Bioinformatics, etc. pour se tenir à jour. Pas tous les logiciels distribués gratuitement sont pour autant libres, même pour les universitaires...
Lorsque des paquets (.deb ou .rpm) sont disponibles, ils sont signalés.
Version en cours de modification :-)
TODO : rajouter tout ce qui ABS/Coalescent ainsi que SNP et calculs de taux de mutations (PAML,...)
Logiciels et banques de données dédiés aux séquences[modifier]
Ici sont listés les logiciels libres spécialement dédiés aux différents traitements de séquences nucléotidiques et protéiques : recherche par homologie, alignement local/global, de deux séquences/multiple,...
Logiciels et banques de données dédiés aux structures[modifier]
Ici sont présents quelques liens vers des logiciels et banques gérant les structures moléculaires (protéines, ARN,...).
Logiciels dédiés à la reconstruction phylogénétique[modifier]
Les puristes remarqueront que je n'ai pas parlé d'arbre ;-) Donc, pour l'inférence d'histoires évolutives, c'est par ici.
Logiciels et banques de données pour les données d'expression[modifier]
Quelques logiciels et ressources publiques sont mentionnés ici : il s'agit d'outils servant à analyser et contenir les données de puces à ADN (lames de verre, Affymetrix, etc.).
Logiciels pour la visualisation[modifier]
Parce qu'il faut bien faire de jolies zimages :-) Ce n'est pas la seule raison, loin s'en faut : donner un aperçu en images intelligible à sa recherche est très important.
- gnuplot (non libre au sens de la FSF. Les modifications doivent être redistribuées sous forme de patch uniquement.)
- PyXPlot
- matplotlib
- K3DSurf
- MayaVi
- QtiPlot
- GGobi Exploration de données à hautes dimensions
- 3DSlicer Visualisation et analyse d'imagerie médicale (license BSD-like)
Logiciels libres pour la Chimie[modifier]
Logiciels libres pour la Linguistique et les sciences du langage[modifier]
Logiciels libres pour les Mathématiques[modifier]
Calcul symbolique[modifier]
- Maxima
- wxMaxima
- Giac/Xcas
- cadabra
- Autres computer algebra systems (CAS) libres décris ici : http://www.cmla.ens-cachan.fr/fileadmin/Groupes/LaForge/Final/cas3.pdf
Géométrie Algébrique[modifier]
Statistiques[modifier]
Calcul Numérique[modifier]
Logiciels libres pour la Physique[modifier]
(comprend aussi ceux pour l'Astronomie et la cosmologie)
Logiciels libres pour la Mécanique[modifier]
Étude de vidéos de mouvements[modifier]
Ce que PyMecavideo peut faire :
- charger une vidéo
- pointer autant de points voulus (intéressant pour l'étude des référentiels et de la chute libre)
- exporter la liste des point dans un format compréhensible (CSV) ou presse-papier
- ...
- peut jouer une vidéo du mouvement dans le référentiel choisi Exemple : si on pointe une balle et la roue du véolo depuis lequel la balle est lâchée, on peut voir le mouvement de la balle dans le référentiel du vélo.
Eléments finis[modifier]
CFD[modifier]
Code_Saturne, site officiel, Twiki de l'université de Manchester
CFD-online propose une liste plus complète de codes de CFD libres.
Conduction et rayonnement thermique[modifier]
Pré- et post-traitement[modifier]
Distribution live[modifier]
CAElinux: distribution linux live permettant de tester simplement la plupart des logiciels cités ci-dessus.
Logiciels libres pour la Psychologie et les neurosciences[modifier]
Vers une association de logiciels libres pour la science[modifier]
- (obsolète ?) Appel à contributions Call for contributions
TODO : A vérifier où ça en est
Calcul distribué[modifier]
Journaux libres pour la science[modifier]
Voir la page Publications scientifiques
Liens[modifier]
- Un groupe de travail pour la promotion et le développement des logiciels libres en Sciences : http://fsffrance.org/science/science.fr.html
- Un projet pour la promotion et le développement des logiciels libres en Chimie : http://www.alchem.org
- Un projet de diffusion libre de littérature grise (thèses, rapports, etc.) : http://bibliotheques.univ-lille1.fr/grisemine
- Un projet pour faciliter l'écriture et la publication avec des Logiciels Libres de rapports, thèses, etc. : http://sourcesup.cru.fr/cybertheses/
- Voir aussi GNU eprints : http://www.eprints.org/
- Des vidéos scientifiques disponibles gratuitement (mais dans un format fermé Flash) : http://www.canal-u.tv/
- Fiches descriptives de logiciels, la plupart libres, utilisés ou développés dans l' Enseignement Supérieur et la Recherche : http://www.projet-plume.org/
