Science

Logiciels libres pour la science

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Les domaines sont rangés en ordre alphabétique

Logiciels libres pour la Biologie

Il y a un nombre très important de logiciels développés dans le domaine. Suivre BMC Bioinformatics, PLoS Computational biology, Bioinformatics, etc. pour se tenir à jour. Pas tous les logiciels distribués gratuitement sont pour autant libres, même pour les universitaires...

Lorsque des paquets (.deb ou .rpm) sont disponibles, ils sont signalés.

Version en cours de modification :-)

TODO : rajouter tout ce qui ABS/Coalescent ainsi que SNP et calculs de taux de mutations (PAML,...)

Logiciels et banques de données dédiés aux séquences

Ici sont listés les logiciels libres spécialement dédiés aux différents traitements de séquences nucléotidiques et protéiques : recherche par homologie, alignement local/global, de deux séquences/multiple,...

Logiciels et banques de données dédiés aux structures

Ici sont présents quelques liens vers des logiciels et banques gérant les structures moléculaires (protéines, ARN,...).

Logiciels dédiés à la reconstruction phylogénétique

Les puristes remarqueront que je n'ai pas parlé d'arbre ;-) Donc, pour l'inférence d'histoires évolutives, c'est par ici.

Logiciels et banques de données pour les données d'expression

Quelques logiciels et ressources publiques sont mentionnés ici : il s'agit d'outils servant à analyser et contenir les données de puces à ADN (lames de verre, Affymetrix, etc.).

Logiciels pour la visualisation

Parce qu'il faut bien faire de jolies zimages :-) Ce n'est pas la seule raison, loin s'en faut : donner un aperçu en images intelligible à sa recherche est très important.

Logiciels libres pour la Physique

(comprend aussi ceux pour l'Astronomie et la cosmologie)

Vers une association de logiciels libres pour la science

• (obsolète ?) Appel à contributions Call for contributions

TODO : A vérifier où ça en est

Journaux libres pour la science

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Publication ouverte en science (à compléter) Source : Bethesda Statement on Open Access Publishing

PLoS

PLoS est un journal scientifique couvrant plusieurs disciplines (biologie, physique,...). Les publications ne se font qu'en ligne : il n'y a pas de version papier. Les articles publiés dans PLoS sont indexés dans les bases publiques PubMed Central, Scopus, CrossRef, ainsi que par Google Scholar.

La philosophie de PLoS est différente de celle des journaux scientifiques classiques tels que Nature, Science,... qui traduisent l'obsession universitaire générale de l'impact factor (réf) du journal. En effet, l'idée est qu'une publication en ligne implique de publier plus rapidement les résultats de sa recherche et de laisser l'évaluation du travail scientifique à une discussion ouverte entre pairs. De plus, le journal ne se limite pas à un domaine scientifique restreint, mais souhaite favoriser et rendre possible la publication d'articles interdisciplinaires. Mais ce qui est encore plus remarquable, c'est la licence des publications : elles sont toutes sous Creative Commons Attribution Licence (CCAL), la page dédiée à la licence précisant :

Under the CCAL, authors retain ownership of the copyright for their article, but authors allow
anyone to download, reuse, reprint, modify, distribute, and/or copy articles in PLoS journals,
so long as the original authors and source are cited. No permission is required from the authors
or the publishers.

Enfin, vous avez la possibilité de soumettre votre article en tant que fichier LaTeX :-)

BioMed Central

BioMed Central (BMC) ainsi que Chemistry Central et PhysMath Central sont depuis 2008 propriété de Springer Science; les articles ne sont publiés qu'en ligne. Leur philosophie est semblable à celle de PLoS :

All original research articles published by BioMed Central are made freely and permanently
accessible online immediately upon publication. BioMed Central views open access to research
as essential in order to ensure the rapid and efficient communication of research findings.

Les publications sont indexées dans les bases publiques PubMed Central, Scopus, CrossRef, ainsi que par Google Scholar.

BMC publie 204 journaux dont les articles sont sous Creative Commons Attribution Licence (CCAL) et couvrant une large palettes de domaines scientifiques et médicaux. L'accès à certaines revues est ouverte seulement aux universitaires (par exemple, Genome Research).